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Model info
Transcription factorLhx2
ModelLHX2_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length11
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnhTAATKAGvn
Best auROC (human)0.804
Best auROC (mouse)0.934
Peak sets in benchmark (human)5
Peak sets in benchmark (mouse)12
Aligned words531
TF familyHD-LIM factors {3.1.5}
TF subfamilyLhx-2-like factors {3.1.5.3}
MGIMGI:96785
EntrezGeneGeneID:16870
(SSTAR profile)
UniProt IDLHX2_MOUSE
UniProt ACQ9Z0S2
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 10.502279999999999
0.0005 12.461955
0.0001 16.28978
GTEx tissue expression atlas Lhx2 expression
Motifs in JASPAR
MA0700.1 (LHX2; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
019.053.017.057.08.038.06.038.049.040.014.039.017.038.07.069.0
0225.00.01.057.07.00.00.0162.00.00.01.043.06.03.03.0191.0
0337.00.01.00.03.00.00.00.05.00.00.00.0451.01.00.01.0
04495.00.00.01.01.00.00.00.01.00.00.00.01.00.00.00.0
056.01.03.0488.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.01.0
061.00.05.00.00.00.01.00.00.01.02.00.03.016.0209.0261.0
072.00.02.00.016.00.01.00.0201.00.016.00.0175.02.082.02.0
0819.05.0319.051.00.00.02.00.06.010.080.05.00.00.02.00.0
093.08.010.04.01.08.00.06.099.0148.0109.047.08.016.029.03.0
1053.019.018.021.061.042.07.070.050.048.031.019.012.013.015.020.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.2130.525-0.5970.597-1.3260.195-1.5980.1950.4470.246-0.7860.221-0.5970.195-1.4520.787
02-0.218-4.398-3.1240.597-1.452-4.398-4.3981.638-4.398-4.398-3.1240.318-1.598-2.232-2.2321.802
030.169-4.398-3.124-4.398-2.232-4.398-4.398-4.398-1.768-4.398-4.398-4.3982.66-3.124-4.398-3.124
042.753-4.398-4.398-3.124-3.124-4.398-4.398-4.398-3.124-4.398-4.398-4.398-3.124-4.398-4.398-4.398
05-1.598-3.124-2.2322.739-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-4.398-3.124
06-3.124-4.398-1.768-4.398-4.398-4.398-3.124-4.398-4.398-3.124-2.582-4.398-2.232-0.6561.8922.114
07-2.582-4.398-2.582-4.398-0.656-4.398-3.124-4.3981.853-4.398-0.656-4.3981.715-2.5820.959-2.582
08-0.488-1.7682.3140.487-4.398-4.398-2.582-4.398-1.598-1.1120.934-1.768-4.398-4.398-2.582-4.398
09-2.232-1.326-1.112-1.973-3.124-1.326-4.398-1.5981.1471.5471.2430.406-1.326-0.656-0.072-2.232
100.525-0.488-0.541-0.390.6650.294-1.4520.8020.4670.427-0.006-0.488-0.936-0.858-0.719-0.437