Check the newest release v12
Model info
Transcription factorNRF1
(GeneCards)
ModelNRF1_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length19
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnbdSYGCGCAKGCGCvnbn
Best auROC (human)0.999
Best auROC (mouse)0.999
Peak sets in benchmark (human)31
Peak sets in benchmark (mouse)23
Aligned words512
TF familyNRF {0.0.6}
TF subfamilyNRF-1 (alpha-pal) {0.0.6.0.1}
HGNCHGNC:7996
EntrezGeneGeneID:4899
(SSTAR profile)
UniProt IDNRF1_HUMAN
UniProt ACQ16656
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 -1.9155900000000001
0.0005 0.43336
0.0001 5.50416
GTEx tissue expression atlas NRF1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list NRF1 datasets
Motifs in JASPAR
MA0506.1 (NRF1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0112.039.021.08.020.078.025.040.024.071.017.026.05.079.020.014.0
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189.07.025.01.023.059.031.051.056.081.060.033.012.011.027.013.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-0.9360.221-0.39-1.326-0.4370.909-0.2180.246-0.2580.816-0.597-0.179-1.7680.922-0.437-0.786
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07-4.398-4.398-0.656-4.398-3.124-3.1242.712-4.398-4.398-4.398-1.768-4.398-4.398-4.398-3.124-4.398
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09-4.398-4.398-4.398-4.3982.5350.5440.056-1.02-3.124-3.124-4.398-4.398-4.398-3.124-4.398-4.398
10-0.4880.0251.0522.102-3.124-3.124-4.3980.544-3.124-4.398-4.3980.025-4.398-3.124-4.398-1.112
11-4.398-3.124-0.437-4.398-3.124-4.3980.056-4.398-1.452-0.7190.773-4.398-4.398-3.1242.415-4.398
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