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Model info
Transcription factorPknox1
ModelPKNX1_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length12
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusbWGAbKGRCRKv
Best auROC (human)
Best auROC (mouse)0.973
Peak sets in benchmark (human)
Peak sets in benchmark (mouse)19
Aligned words479
TF familyTALE-type homeo domain factors {3.1.4}
TF subfamilyPKNOX {3.1.4.5}
MGIMGI:1201409
EntrezGeneGeneID:18771
(SSTAR profile)
UniProt IDPKNX1_MOUSE
UniProt ACO70477
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 9.12136
0.0005 10.91422
0.0001 14.577449999999999
GTEx tissue expression atlas Pknox1 expression
Motifs in JASPAR
MA0782.1 (PKNOX1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0113.07.013.033.09.020.016.0116.034.018.019.087.08.04.08.070.0
023.01.058.02.06.02.036.05.02.00.053.01.015.04.0281.06.0
0322.04.00.00.05.01.01.00.0418.01.07.02.014.00.00.00.0
0422.0129.0136.0172.01.02.01.02.01.03.02.02.00.00.02.00.0
055.00.00.019.023.03.034.074.08.022.012.099.05.07.033.0131.0
061.00.039.01.02.00.029.01.05.00.073.01.01.03.0318.01.0
073.00.06.00.03.00.00.00.0270.01.0186.02.01.00.01.02.0
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094.03.07.01.0277.014.0109.030.03.03.01.00.05.01.015.02.0
1024.027.0209.029.012.04.04.01.05.012.079.036.09.07.014.03.0
1110.08.026.06.07.013.017.013.048.0119.0116.023.08.019.030.012.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-0.809-1.404-0.8090.104-1.164-0.389-0.6071.3530.134-0.492-0.4391.067-1.277-1.925-1.2770.85
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03-0.295-1.925-4.358-4.358-1.72-3.078-3.078-4.3582.633-3.078-1.404-2.534-0.737-4.358-4.358-4.358
04-0.2951.4591.5121.746-3.078-2.534-3.078-2.534-3.078-2.184-2.534-2.534-4.358-4.358-2.534-4.358
05-1.72-4.358-4.358-0.439-0.252-2.1840.1340.906-1.277-0.295-0.8871.195-1.72-1.4040.1041.475
06-3.078-4.3580.27-3.078-2.534-4.358-0.023-3.078-1.72-4.3580.892-3.078-3.078-2.1842.36-3.078
07-2.184-4.358-1.55-4.358-2.184-4.358-4.358-4.3582.196-3.0781.824-2.534-3.078-4.358-3.078-2.534
08-1.2772.127-1.55-0.971-4.358-4.358-4.358-3.078-1.4041.758-3.078-0.971-4.358-1.925-4.358-4.358
09-1.925-2.184-1.404-3.0782.222-0.7371.2910.01-2.184-2.184-3.078-4.358-1.72-3.078-0.67-2.534
10-0.21-0.0941.941-0.023-0.887-1.925-1.925-3.078-1.72-0.8870.9710.191-1.164-1.404-0.737-2.184
11-1.063-1.277-0.131-1.55-1.404-0.809-0.548-0.8090.4761.3791.353-0.252-1.277-0.4390.01-0.887