Model info
Transcription factorPrdm9
ModelPRDM9_MOUSE.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length21
Quality
C
Motif rank
0
ConsensusnhdnddRRYAGYAvCWbChbv
Best auROC (human)
Best auROC (mouse)0.9098583182950531
Peak sets in benchmark (human)
Peak sets in benchmark (mouse)4
Aligned words245
TF familyFactors with multiple dispersed zinc fingers{2.3.4}
TF subfamilyunclassified{2.3.4.0}
MGI2384854
EntrezGene
UniProt IDPRDM9_MOUSE
UniProt ACQ96EQ9
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.978860000000001
0.0005 10.85776
0.0001 14.806260000000002
GTEx tissue expression atlas Prdm9 expression
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0125.019.07.06.032.09.02.011.020.09.010.010.027.019.015.024.0
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0332.016.049.036.018.03.03.04.015.011.017.08.06.08.014.05.0
0438.03.025.05.027.00.04.07.039.012.021.011.022.01.027.03.0
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068.00.062.07.08.01.07.012.07.00.045.02.09.03.065.09.0
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153.00.03.03.0133.017.02.076.00.01.01.00.05.01.00.00.0
1612.061.031.037.07.03.03.06.01.00.02.03.03.012.016.048.0
174.014.05.00.07.064.00.05.01.045.04.02.03.084.07.00.0
186.03.02.04.051.032.05.0119.08.01.03.04.04.02.01.00.0
198.016.028.017.013.07.01.017.03.02.02.04.04.015.076.032.0
204.09.013.02.016.05.010.09.019.019.058.011.017.08.028.017.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.4820.211-0.757-0.9030.726-0.516-1.899-0.3220.262-0.516-0.414-0.4140.5580.211-0.020.441
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11-2.455-0.757-3.818-3.818-2.455-3.818-2.455-3.818-0.9032.006-0.161.827-3.818-1.899-2.455-3.818
12-1.282-3.818-1.282-3.8182.048-2.455-2.455-1.899-0.757-2.455-1.075-1.8991.459-1.5440.399-1.282
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14-1.8990.814-1.899-1.899-3.8181.332-3.818-3.818-0.7571.944-3.818-1.544-3.8180.482-3.818-2.455
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