Model info
Transcription factorRARA
ModelRARA_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length23
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusvddRRbbvvRAGKTCARRRbYRn
Best auROC (human)0.9536003592515578
Best auROC (mouse)0.9348293271839814
Peak sets in benchmark (human)29
Peak sets in benchmark (mouse)32
Aligned words356
TF familyThyroid hormone receptor-related factors (NR1){2.1.2}
TF subfamilyRetinoic acid receptors (NR1B){2.1.2.1}
HGNC9864
EntrezGene5914
UniProt IDRARA_HUMAN
UniProt ACP10276
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.88851
0.0005 9.88066
0.0001 14.092210000000001
GTEx tissue expression atlas RARA expression
ReMap ChIP-seq dataset list RARA datasets
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0137.07.029.07.044.09.05.023.080.08.050.013.011.03.015.06.0
0255.07.096.014.07.05.05.010.030.04.046.019.012.06.018.013.0
0310.06.082.06.06.06.04.06.027.07.0125.06.012.024.014.06.0
0418.07.023.07.030.08.00.05.067.07.0142.09.08.05.011.00.0
0513.023.045.042.011.07.01.08.014.027.030.0105.01.02.03.015.0
067.09.010.013.024.017.03.015.06.022.016.035.07.0118.031.014.0
073.04.030.07.0127.020.05.014.019.010.023.08.011.025.013.028.0
0846.014.089.011.032.010.01.016.026.05.025.015.04.029.012.012.0
0954.05.045.04.048.02.06.02.063.04.060.00.011.08.032.03.0
10137.01.037.01.017.01.01.00.0117.00.023.03.07.00.02.00.0
1117.02.0257.02.00.00.02.00.03.01.057.02.01.00.03.00.0
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130.00.03.06.02.02.00.05.05.013.014.0129.02.00.02.0164.0
140.08.01.00.05.09.00.01.01.017.01.00.05.0272.07.020.0
155.00.05.01.0301.00.04.01.09.00.00.00.020.00.01.00.0
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1721.07.0175.06.08.01.014.07.038.05.039.04.01.011.08.02.0
1833.010.023.02.03.014.00.07.018.07.0205.06.01.09.06.03.0
1915.03.030.07.013.07.01.019.022.038.019.0155.01.07.04.06.0
204.019.015.013.07.036.01.011.03.06.013.032.05.0141.023.018.0
214.01.013.01.0167.014.08.013.014.03.021.014.021.09.022.022.0
2225.033.087.061.016.06.02.03.07.09.028.020.03.033.08.06.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.527-1.0970.286-1.0970.699-0.856-1.4130.0581.293-0.9690.826-0.501-0.663-1.88-0.361-1.243
020.921-1.0971.475-0.429-1.097-1.413-1.413-0.7550.32-1.620.743-0.13-0.579-1.243-0.183-0.501
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11-0.239-2.2322.457-2.232-4.1-4.1-2.232-4.1-1.88-2.7820.956-2.232-2.782-4.1-1.88-4.1
12-2.232-4.1-1.243-0.501-4.1-1.88-4.1-4.1-1.243-1.2431.9461.939-2.782-4.1-2.782-2.232
13-4.1-4.1-1.88-1.243-2.232-2.232-4.1-1.413-1.413-0.501-0.4291.769-2.232-4.1-2.2322.009
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162.2260.2521.3050.014-4.1-4.1-4.1-4.1-1.413-2.232-1.88-4.1-4.1-4.1-2.232-4.1
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