Check the newest release v12
Model info
Transcription factorRfx2
ModelRFX2_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length20
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusbbbGTTGCCWKGGhRACvvv
Best auROC (human)0.978
Best auROC (mouse)0.998
Peak sets in benchmark (human)7
Peak sets in benchmark (mouse)7
Aligned words360
TF familyRFX-related factors {3.3.3}
TF subfamilyRFX2 {3.3.3.0.2}
MGIMGI:106583
EntrezGeneGeneID:19725
(SSTAR profile)
UniProt IDRFX2_MOUSE
UniProt ACP48379
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 0.90556
0.0005 3.4619099999999996
0.0001 8.948910000000001
GTEx tissue expression atlas Rfx2 expression
Motifs in JASPAR
MA0600.1 (RFX2; Homo sapiens)
MA0600.2 (RFX2; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
012.019.011.011.04.064.027.042.012.067.029.023.04.022.014.09.0
020.07.012.03.024.051.065.032.04.050.019.08.07.012.060.06.0
030.00.034.01.00.00.0120.00.02.00.0154.00.02.00.047.00.0
040.00.00.04.00.00.00.00.01.07.01.0346.00.00.00.01.0
050.00.00.01.00.00.00.07.00.00.00.01.09.019.00.0323.0
064.00.04.01.03.00.016.00.00.00.00.00.034.01.0274.023.0
070.041.00.00.00.01.00.00.01.0267.00.026.00.024.00.00.0
080.00.00.01.00.0250.00.083.00.00.00.00.00.018.00.08.0
090.00.00.00.0202.017.020.029.00.00.00.00.079.01.09.03.0
1032.016.040.0193.04.06.06.02.03.03.013.010.012.01.05.014.0
110.00.051.00.02.00.024.00.02.01.061.00.015.00.0204.00.0
121.00.018.00.00.00.01.00.025.08.0307.00.00.00.00.00.0
131.019.05.01.02.04.02.00.0100.0139.035.052.00.00.00.00.0
1426.05.070.02.065.01.089.07.030.00.09.03.022.02.022.07.0
15103.016.021.03.05.00.03.00.0169.014.03.04.010.05.03.01.0
164.0262.04.017.01.028.03.03.00.028.01.01.01.02.01.04.0
171.05.00.00.079.086.0119.036.02.03.04.00.02.07.013.03.0
1815.011.054.04.027.014.053.07.021.044.066.05.03.09.026.01.0
198.025.030.03.011.021.025.021.035.068.071.025.01.03.010.03.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-2.268-0.166-0.699-0.699-1.6551.0350.180.617-0.6151.080.250.022-1.655-0.022-0.465-0.892
02-4.13-1.133-0.615-1.9150.0640.8091.050.347-1.6550.79-0.166-1.005-1.133-0.6150.971-1.278
03-4.13-4.130.407-2.816-4.13-4.131.661-4.13-2.268-4.131.91-4.13-2.268-4.130.728-4.13
04-4.13-4.13-4.13-1.655-4.13-4.13-4.13-4.13-2.816-1.133-2.8162.718-4.13-4.13-4.13-2.816
05-4.13-4.13-4.13-2.816-4.13-4.13-4.13-1.133-4.13-4.13-4.13-2.816-0.892-0.166-4.132.649
06-1.655-4.13-1.655-2.816-1.915-4.13-0.334-4.13-4.13-4.13-4.13-4.130.407-2.8162.4850.022
07-4.130.593-4.13-4.13-4.13-2.816-4.13-4.13-2.8162.459-4.130.142-4.130.064-4.13-4.13
08-4.13-4.13-4.13-2.816-4.132.393-4.131.294-4.13-4.13-4.13-4.13-4.13-0.219-4.13-1.005
09-4.13-4.13-4.13-4.132.18-0.275-0.1160.25-4.13-4.13-4.13-4.131.244-2.816-0.892-1.915
100.347-0.3340.5682.135-1.655-1.278-1.278-2.268-1.915-1.915-0.537-0.791-0.615-2.816-1.449-0.465
11-4.13-4.130.809-4.13-2.268-4.130.064-4.13-2.268-2.8160.987-4.13-0.397-4.132.19-4.13
12-2.816-4.13-0.219-4.13-4.13-4.13-2.816-4.130.104-1.0052.598-4.13-4.13-4.13-4.13-4.13
13-2.816-0.166-1.449-2.816-2.268-1.655-2.268-4.131.4791.8070.4360.829-4.13-4.13-4.13-4.13
140.142-1.4491.124-2.2681.05-2.8161.363-1.1330.284-4.13-0.892-1.915-0.022-2.268-0.022-1.133
151.509-0.334-0.068-1.915-1.449-4.13-1.915-4.132.002-0.465-1.915-1.655-0.791-1.449-1.915-2.816
16-1.6552.44-1.655-0.275-2.8160.216-1.915-1.915-4.130.216-2.816-2.816-2.816-2.268-2.816-1.655
17-2.816-1.449-4.13-4.131.2441.3291.6520.464-2.268-1.915-1.655-4.13-2.268-1.133-0.537-1.915
18-0.397-0.6990.866-1.6550.18-0.4650.847-1.133-0.0680.6631.065-1.449-1.915-0.8920.142-2.816
19-1.0050.1040.284-1.915-0.699-0.0680.104-0.0680.4361.0951.1380.104-2.816-1.915-0.791-1.915