Model info
Transcription factorSmarca5
ModelSMCA5_MOUSE.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length18
Quality
C
Motif rank
0
ConsensushWSWGvMWSvYdSTKKYh
Best auROC (human)0.6682166675036658
Best auROC (mouse)0.7285685442208797
Peak sets in benchmark (human)3
Peak sets in benchmark (mouse)2
Aligned words274
TF familyMyb/SANT domain factors{3.5.1}
TF subfamilySMARCA-like factors{3.5.1.5}
MGI1935129
EntrezGene93762
UniProt IDSMCA5_MOUSE
UniProt ACQ91ZW3
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 9.87866
0.0005 11.559709999999999
0.0001 15.087710000000001
GTEx tissue expression atlas Smarca5 expression
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0131.01.09.013.015.02.04.0102.01.03.012.025.014.00.010.022.0
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161.012.02.03.08.011.05.04.06.029.02.012.023.0108.016.022.0
179.03.012.014.030.022.013.095.09.06.07.03.011.014.08.08.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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05-1.97-2.525-2.525-2.525-0.976-0.83-1.354-1.3541.8611.1340.6830.621-1.354-1.616-1.147-1.97
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