Model info
Transcription factorSnai2
ModelSNAI2_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length13
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusndRCAGGTGYnbb
Best auROC (human)0.9760936160713214
Best auROC (mouse)0.940119303850437
Peak sets in benchmark (human)11
Peak sets in benchmark (mouse)3
Aligned words417
TF familyMore than 3 adjacent zinc finger factors{2.3.3}
TF subfamilySnail-like factors{2.3.3.2}
MGI1096393
EntrezGene20583
UniProt IDSNAI2_MOUSE
UniProt ACP97469
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 3.95488
0.0005 5.962105
0.0001 13.690615000000001
GTEx tissue expression atlas Snai2 expression
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0127.01.042.04.065.03.052.025.056.017.034.011.018.04.046.04.0
0273.01.092.00.014.00.011.00.074.01.099.00.015.00.029.00.0
030.0176.00.00.00.02.00.00.00.0231.00.00.00.00.00.00.0
040.00.00.00.0409.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0
050.00.0409.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0
060.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0409.00.00.00.00.00.0
070.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0409.00.00.00.00.0
080.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.02.00.0407.00.0
090.01.01.00.00.00.00.00.09.0226.079.093.00.00.00.00.0
102.02.02.03.084.037.054.052.045.018.012.05.010.028.029.026.0
1116.031.050.044.011.014.015.045.08.032.032.025.08.016.029.033.0
1210.07.022.04.027.030.018.018.018.045.051.012.09.052.055.031.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.054-2.9370.491-1.780.924-2.0390.703-0.0220.776-0.4010.282-0.824-0.345-1.780.581-1.78
021.04-2.9371.27-4.234-0.59-4.234-0.824-4.2341.053-2.9371.343-4.234-0.523-4.2340.124-4.234
03-4.2341.917-4.234-4.234-4.234-2.39-4.234-4.234-4.2342.188-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234
04-4.234-4.234-4.234-4.2342.759-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234
05-4.234-4.2342.759-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234
06-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.2342.759-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234
07-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.2342.759-4.234-4.234-4.234-4.234
08-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-2.39-4.2342.754-4.234
09-4.234-2.937-2.937-4.234-4.234-4.234-4.234-4.234-1.0182.1661.1181.281-4.234-4.234-4.234-4.234
10-2.39-2.39-2.39-2.0391.180.3650.740.7030.559-0.345-0.74-1.574-0.9160.090.1240.017
11-0.460.190.6640.537-0.824-0.59-0.5230.559-1.130.2220.222-0.022-1.13-0.460.1240.252
12-0.916-1.258-0.148-1.780.0540.158-0.345-0.345-0.3450.5590.683-0.74-1.0180.7030.7580.19