Model info
Transcription factorSox9
ModelSOX9_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length19
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusvMMAAdRvvnbCWTTGTKb
Best auROC (human)0.6545694600663677
Best auROC (mouse)0.9890724950244051
Peak sets in benchmark (human)6
Peak sets in benchmark (mouse)25
Aligned words500
TF familySOX-related factors{4.1.1}
TF subfamilyGroup E{4.1.1.5}
MGI98371
EntrezGene20682
UniProt IDSOX9_MOUSE
UniProt ACQ04887
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
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GTEx tissue expression atlas Sox9 expression
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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