Model info
Transcription factorTWIST1
ModelTWST1_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length20
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnvCAKCTGKhhbbvAKhWdn
Best auROC (human)0.9965113338449822
Best auROC (mouse)0.5681611168200671
Peak sets in benchmark (human)9
Peak sets in benchmark (mouse)8
Aligned words225
TF familyTal-related factors{1.2.3}
TF subfamilyTwist-like factors{1.2.3.2}
HGNC12428
EntrezGene7291
UniProt IDTWST1_HUMAN
UniProt ACQ15672
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.029010000000001
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0.0001 14.257660000000001
GTEx tissue expression atlas TWIST1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list TWIST1 datasets
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0137.014.017.01.036.012.09.03.028.014.014.02.08.011.017.02.0
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123.013.01.07.06.034.00.021.00.022.04.07.05.043.018.041.0
136.07.01.00.047.057.05.03.01.015.02.05.025.021.024.06.0
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1843.013.053.023.02.02.05.01.06.03.03.01.013.02.045.010.0
1915.04.034.011.04.08.01.07.09.041.033.023.08.013.08.06.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.953-0.0040.186-2.3760.926-0.155-0.433-1.4620.677-0.004-0.004-1.818-0.546-0.2390.186-1.818
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03-0.239-3.751-1.818-3.7512.652-3.751-1.2-2.376-3.751-3.751-1.462-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751
04-2.376-0.3311.4332.305-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-1.818-0.674-3.751-3.751-2.376-3.751
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07-3.751-3.751-2.376-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-2.376-3.7512.737-2.376
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15-2.376-0.2391.0052.365-3.751-3.751-3.751-1.818-1.818-1.818-1.818-0.331-3.751-3.751-2.376-1.818
16-1.818-2.376-3.751-3.751-0.821-2.376-0.821-3.7510.186-0.239-0.331-1.2-0.1550.604-0.8212.148
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