Check the newest release v12
Model info
Transcription factorFoxa2
ModelFOXA2_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length16
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnbnhTGTTTACWYWdn
Best auROC (human)0.985
Best auROC (mouse)0.994
Peak sets in benchmark (human)22
Peak sets in benchmark (mouse)34
Aligned words501
TF familyForkhead box (FOX) factors {3.3.1}
TF subfamilyFOXA {3.3.1.1}
MGIMGI:1347476
EntrezGeneGeneID:15376
(SSTAR profile)
UniProt IDFOXA2_MOUSE
UniProt ACP35583
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.286760000000001
0.0005 10.81796
0.0001 16.05011
GTEx tissue expression atlas Foxa2 expression
Motifs in JASPAR
MA0047.1 (Foxa2; Rattus norvegicus)
MA0047.2 (Foxa2; Mus musculus)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0115.027.023.016.019.059.04.038.015.063.018.030.013.095.031.032.0
025.020.037.00.079.070.07.088.07.036.021.012.03.065.036.012.0
0340.022.021.011.051.031.08.0101.023.023.017.038.06.022.029.055.0
040.01.01.0118.00.00.00.098.01.00.00.074.00.00.01.0204.0
051.00.00.00.01.00.00.00.00.00.02.00.0145.00.0349.00.0
060.00.00.0147.00.00.00.00.00.00.01.0350.00.00.00.00.0
070.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.01.00.00.022.0475.0
080.00.00.00.00.00.00.00.00.00.02.020.00.00.0135.0341.0
090.00.00.00.00.00.00.00.0136.00.01.00.0315.00.045.01.0
105.0403.03.040.00.00.00.00.02.028.00.016.00.01.00.00.0
114.01.00.02.0186.040.01.0205.01.01.00.01.08.03.00.045.0
1222.082.029.066.05.014.00.026.00.00.00.01.04.069.013.0167.0
1319.00.03.09.098.01.00.066.029.00.00.013.095.04.016.0145.0
1471.020.0121.029.02.00.01.02.03.01.09.06.022.025.0137.049.0
1523.022.031.022.07.012.02.025.049.057.098.064.012.038.022.014.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-0.717-0.14-0.298-0.654-0.4860.634-1.9710.197-0.7170.699-0.539-0.036-0.8561.108-0.0040.027
02-1.766-0.4350.171-4.3970.9240.804-1.4511.031-1.4510.144-0.388-0.934-2.230.730.144-0.934
030.248-0.342-0.388-1.0180.489-0.004-1.3241.169-0.298-0.298-0.5950.197-1.596-0.342-0.070.564
04-4.397-3.122-3.1221.324-4.397-4.397-4.3971.139-3.122-4.397-4.3970.859-4.397-4.397-3.1221.87
05-3.122-4.397-4.397-4.397-3.122-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-2.58-4.3971.529-4.3972.406-4.397
06-4.397-4.397-4.3971.543-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-3.1222.409-4.397-4.397-4.397-4.397
07-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-3.122-4.397-4.397-0.3422.714
08-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-2.58-0.435-4.397-4.3971.4582.383
09-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.397-4.3971.465-4.397-3.122-4.3972.303-4.3970.365-3.122
10-1.7662.549-2.230.248-4.397-4.397-4.397-4.397-2.58-0.104-4.397-0.654-4.397-3.122-4.397-4.397
11-1.971-3.122-4.397-2.581.7770.248-3.1221.874-3.122-3.122-4.397-3.122-1.324-2.23-4.3970.365
12-0.3420.961-0.070.745-1.766-0.784-4.397-0.177-4.397-4.397-4.397-3.122-1.9710.789-0.8561.67
13-0.486-4.397-2.23-1.2111.139-3.122-4.3970.745-0.07-4.397-4.397-0.8561.108-1.971-0.6541.529
140.818-0.4351.349-0.07-2.58-4.397-3.122-2.58-2.23-3.122-1.211-1.596-0.342-0.2161.4720.449
15-0.298-0.342-0.004-0.342-1.451-0.934-2.58-0.2160.4490.5991.1390.715-0.9340.197-0.342-0.784