Check the newest release v12
Model info
Transcription factorRARA
(GeneCards)
ModelRARA_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length23
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusvddRRbbvvRAGKTCARRRbYRn
Best auROC (human)0.954
Best auROC (mouse)0.935
Peak sets in benchmark (human)29
Peak sets in benchmark (mouse)32
Aligned words356
TF familyThyroid hormone receptor-related factors (NR1) {2.1.2}
TF subfamilyRetinoic acid receptors (NR1B) {2.1.2.1}
HGNCHGNC:9864
EntrezGeneGeneID:5914
(SSTAR profile)
UniProt IDRARA_HUMAN
UniProt ACP10276
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.88851
0.0005 9.88066
0.0001 14.092210000000001
GTEx tissue expression atlas RARA expression
ReMap ChIP-seq dataset list RARA datasets
Motifs in JASPAR
MA0159.1 (RARA::RXRA; Homo sapiens)
MA0729.1 (RARA; Homo sapiens)
MA1149.1 (RARA::RXRG; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0137.07.029.07.044.09.05.023.080.08.050.013.011.03.015.06.0
0255.07.096.014.07.05.05.010.030.04.046.019.012.06.018.013.0
0310.06.082.06.06.06.04.06.027.07.0125.06.012.024.014.06.0
0418.07.023.07.030.08.00.05.067.07.0142.09.08.05.011.00.0
0513.023.045.042.011.07.01.08.014.027.030.0105.01.02.03.015.0
067.09.010.013.024.017.03.015.06.022.016.035.07.0118.031.014.0
073.04.030.07.0127.020.05.014.019.010.023.08.011.025.013.028.0
0846.014.089.011.032.010.01.016.026.05.025.015.04.029.012.012.0
0954.05.045.04.048.02.06.02.063.04.060.00.011.08.032.03.0
10137.01.037.01.017.01.01.00.0117.00.023.03.07.00.02.00.0
1117.02.0257.02.00.00.02.00.03.01.057.02.01.00.03.00.0
122.00.06.013.00.03.00.00.06.06.0154.0153.01.00.01.02.0
130.00.03.06.02.02.00.05.05.013.014.0129.02.00.02.0164.0
140.08.01.00.05.09.00.01.01.017.01.00.05.0272.07.020.0
155.00.05.01.0301.00.04.01.09.00.00.00.020.00.01.00.0
16204.028.081.022.00.00.00.00.05.02.03.00.00.00.02.00.0
1721.07.0175.06.08.01.014.07.038.05.039.04.01.011.08.02.0
1833.010.023.02.03.014.00.07.018.07.0205.06.01.09.06.03.0
1915.03.030.07.013.07.01.019.022.038.019.0155.01.07.04.06.0
204.019.015.013.07.036.01.011.03.06.013.032.05.0141.023.018.0
214.01.013.01.0167.014.08.013.014.03.021.014.021.09.022.022.0
2225.033.087.061.016.06.02.03.07.09.028.020.03.033.08.06.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.527-1.0970.286-1.0970.699-0.856-1.4130.0581.293-0.9690.826-0.501-0.663-1.88-0.361-1.243
020.921-1.0971.475-0.429-1.097-1.413-1.413-0.7550.32-1.620.743-0.13-0.579-1.243-0.183-0.501
03-0.755-1.2431.318-1.243-1.243-1.243-1.62-1.2430.216-1.0971.738-1.243-0.5790.1-0.429-1.243
04-0.183-1.0970.058-1.0970.32-0.969-4.1-1.4131.117-1.0971.865-0.856-0.969-1.413-0.663-4.1
05-0.5010.0580.7210.653-0.663-1.097-2.782-0.969-0.4290.2160.321.564-2.782-2.232-1.88-0.361
06-1.097-0.856-0.755-0.5010.1-0.239-1.88-0.361-1.2430.014-0.2980.472-1.0971.680.352-0.429
07-1.88-1.620.32-1.0971.754-0.08-1.413-0.429-0.13-0.7550.058-0.969-0.6630.14-0.5010.252
080.743-0.4291.399-0.6630.384-0.755-2.782-0.2980.179-1.4130.14-0.361-1.620.286-0.579-0.579
090.902-1.4130.721-1.620.785-2.232-1.243-2.2321.055-1.621.007-4.1-0.663-0.9690.384-1.88
101.829-2.7820.527-2.782-0.239-2.782-2.782-4.11.672-4.10.058-1.88-1.097-4.1-2.232-4.1
11-0.239-2.2322.457-2.232-4.1-4.1-2.232-4.1-1.88-2.7820.956-2.232-2.782-4.1-1.88-4.1
12-2.232-4.1-1.243-0.501-4.1-1.88-4.1-4.1-1.243-1.2431.9461.939-2.782-4.1-2.782-2.232
13-4.1-4.1-1.88-1.243-2.232-2.232-4.1-1.413-1.413-0.501-0.4291.769-2.232-4.1-2.2322.009
14-4.1-0.969-2.782-4.1-1.413-0.856-4.1-2.782-2.782-0.239-2.782-4.1-1.4132.514-1.097-0.08
15-1.413-4.1-1.413-2.7822.615-4.1-1.62-2.782-0.856-4.1-4.1-4.1-0.08-4.1-2.782-4.1
162.2260.2521.3050.014-4.1-4.1-4.1-4.1-1.413-2.232-1.88-4.1-4.1-4.1-2.232-4.1
17-0.032-1.0972.073-1.243-0.969-2.782-0.429-1.0970.554-1.4130.579-1.62-2.782-0.663-0.969-2.232
180.414-0.7550.058-2.232-1.88-0.429-4.1-1.097-0.183-1.0972.231-1.243-2.782-0.856-1.243-1.88
19-0.361-1.880.32-1.097-0.501-1.097-2.782-0.130.0140.554-0.131.952-2.782-1.097-1.62-1.243
20-1.62-0.13-0.361-0.501-1.0970.5-2.782-0.663-1.88-1.243-0.5010.384-1.4131.8580.058-0.183
21-1.62-2.782-0.501-2.7822.027-0.429-0.969-0.501-0.429-1.88-0.032-0.429-0.032-0.8560.0140.014
220.140.4141.3771.023-0.298-1.243-2.232-1.88-1.097-0.8560.252-0.08-1.880.414-0.969-1.243